Ældre historie
Helgenæs Kirke er 900 år gammel. Præstegården er meget yngre. Den blev opført i 1860 som en stråtækt firelænget gård i bindingsværk. Det nuværende stuehus blev opført i 1879 og ombygget i 1961. På samme tid nedrev man den sydlige længe, kostalden, og i 2017 rev man også den østlige længe ned.
Oprindeligt hørte temmelig megen jord til præstegården, men lensafløsningsloven i 1919 betød, at det meste blev afhændet, først og fremmest til husmandsbrug. Der er flere gravhøje på jorden.
Linden på gårdspladsen blev plantet omkring 1900.
Præsten
Tidligere sørgede præsten selv for driften af præstegårdsjorden. Det gjaldt også Aage Poulsen, der er den sidste præst, der har boet i Helgenæs præstegård. Han blev præst på Helgenæs i 1956. I 1971 blev han tillige præst i Tved og året efter også i Vistoft. Da Aage Poulsen gik på pension i 1984, bestemte Kirkeministeriet, at hans efterfølger skulle bo i Tved Præstegård. Aage Poulsen og hans kone blev boende som lejere i Helgenæs præstegård indtil 1990, hvorefter de flyttede til Horsens. Aage Poulsen døde i 2012 og ligger begravet på Helgenæs kirkegård. Aage Poulsens efterfølger Jan Schmidt var præst i Tved-Helgenæs-Vistoft pastorat 1984-2020.
Pastoratets nuværende præst er Gorm Ridder-Jensen. Han bor ligeledes i Tved præstegård.
Nyere historie
Fra 1990 til 2010 benyttedes stuehuset dels til egns- og lokalhistorisk museum dels til Helgenæs Spare- og Lånekasse. I dag er præstegården hjemsted for ”Foreningen Helgenæs Præstegård,” som blev dannet i 2011 for at skabe et kulturelt samlingssted. Fra 2012 har Foreningen lejet lokaler i stuehuset af menighedsrådet. Foreningen har ved udgangen af 2022 ca. 175 medlemmer.
I tidens løb har foreningen arrangeret kurser, foredrag, koncerter, sangaftener, vandreture, vin- eller ølsmagning, familiedage med forskellige indendørs- og udendørsaktiviteter, julestue, mm.
Der er en malergruppe, en håndarbejdsgruppe, en litteraturgruppe, en kortspilsgruppe, en bordtennisgruppe og kropstræning, som mødes regelmæssigt i husets hyggelige stuer. Malergruppen tilrettelægger udstillinger af egne og andre lokale kunstneres værker. Læs mere om grupperne under faste aktiviteter.
Foreningen udgiver hvert år en kalender med motiver fra Helgenæs’ natur eller kultur udført af lokale kunstnere.